ループから特定のカテゴリを除外する書き方です。
ループが始まる直前にメインクエリを変更します。

<?php
//特定のカテゴリを除外
global $query_string;
parse_str($query_string, $args);
$args['category__not_in'] = array(複数ある場合はカンマで区切って入力);
query_posts($args);
?>

<?php if (have_posts()) : ?>
    <?php while (have_posts()) : the_post(); ?>