データベース的な問題なのだろうけど
一応直す方法があった

カテゴリの商品と、その子になってるカテゴリを一旦全て削除。
自分で商品カテゴリに追加したものに関しては一旦別のカテゴリの子にするとかした方がいいかも。

その後welcartのプラグインを一旦停止し、再度有効にするとwelcartに必要なカテゴリが復活しているはず。