こちらの記事を参考にさせていただきました。

http://low-price.seesaa.net/article/370252242.html

CS5,CS6でのみ動作確認済みとのことですが、CC2014,2015でも動きました。

あくまで変換のみで、ProResでレンダリングができるというわけではないようです。

なのでAEを使って変換するという用途でなら十分使えるかと思います。

一度QTのAnimation圧縮でレンダリングしてから変換してみましたが、成功しました。２度手間感は否めませんがいちいちMacに移動させてレンダリングする手間を考えると十分助かります。

以下手順です。

1.必要ファイルのダウンロード

以下のサイトの右下のDOWNLOADボタンからファイルをダウンロードします。

http://www.dubon.fr/conversion-prores422/

2.スクリプトの設置

解凍して出てきたフォルダ、ScriptUI Panels内のProResConverter.jsxをSupport Files＞Scripts＞ScriptUI Panelsにコピー、ffmpegフォルダはSupport Files＞Scripts＞にコピーします。

3.変換

After Effectsを起動し、ウィンドウメニューからProResConverter.jsxを呼び出し、プロジェクトウィンドウ内から変換したいファイルを選択し、Convert to ProResを押すと変換が始まります。特にインジケーターなどは表示されないので不安になりますが、Change output folderで選択した出力先に勝手に出力されていきます。標準だとどうやらデスクトップになってるみたいなので、必要に応じて変更してください。

Other(ffmpeg)parametersのところは、ffmpegで使えるコマンドを入れれるみたいなんですが、僕は使ったことが無いのでよくわかりません。

追記:
どうやら日本語名が含まれるファイルパスで処理しようとするとうまくいきません。
デスクトップもどうやらダメなようです。変換元のファイルもデスクトップにあるとダメです。